Как поделиться вычислительной мощностью компьютера - Вопрос-Ответ - eMule-Rus.Net Форум муловодов

Перейти к содержимому



- - - - -

Как поделиться вычислительной мощностью компьютера


  • Вы не можете ответить в тему
  • Вы не можете создать новую тему
Сообщений в теме: 12

#1 OFFLINE   Robinson

 

    Знаток

  • [Хранители]
  • сообщений: 7 894
    Последний визит:
    27 мар 2024 23:03
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Необитаемого острова
 

Отправлено 28 Февраль 2011 - 13:59

В америке существуют вычислительные сети из множества частных компьютеров.Свою вычислительную мощь(надеюсь основную часть) они предоставляют различным проэктам будь то космос или разработка лекарств.
Существуют ли такие проэкты в России? Процессор у меня используется на 10% так что хотелось бы знать чем я могу поделиться на благо Родины.....

#2 OFFLINE   Romanov

 

    Резидент

  • Постоянные посетители
  • PipPipPipPipPipPipPipPip
  • сообщений: 720
    Последний визит:
    24 май 2012 21:09
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Украина
 

Отправлено 28 Февраль 2011 - 14:19

Есть такая вещь - http://folding.stanford.edu (слева выбрать русский язык) - там участвует и команда из России - http://vspx27.stanfo...p;teamnum=47191 - это страница статистики участия Российской команды, там же есть ссылка на домашнюю страницу "рашин тим" :)... я уж года 2 как участвую...мб какая польза будет.

#3 OFFLINE   Al71

 

    Мастер

  • [eMule-Rus]
  • сообщений: 3 275
    Последний визит:
    22 ноя 2022 07:59
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Москва
 

Отправлено 28 Февраль 2011 - 17:52

 Robinson (Feb 28 2011, 13:59) писал:

В америке существуют вычислительные сети из множества частных компьютеров.Свою вычислительную мощь(надеюсь основную часть) они предоставляют различным проэктам будь то космос или разработка лекарств.
Существуют ли такие проэкты в России? Процессор у меня используется на 10% так что хотелось бы знать чем я могу поделиться на благо Родины.....

Международных проектов много: http://distributed.ru/

Я тоже давно подумывал подключится к какому-нибудь проекту на базе BOINC, но пока сдерживали вопросы безопасности, а также это:

Цитата

Увы, но сегодня не имеется ни одного солидного проекта  распределенных вычислений с достойными по значимости целями, добротным  клиентом, долгосрочными перспективами и нормальной организацией работы,  который мог бы считаться российским. Иначе команда TSC! Russia  безусловно выделила бы значительную часть своих ресурсов на поддержку  такого проекта.   Единственный более-менее серьёзный по замыслу и качеству ПО  российский проект распределённых вычислений MD@Home (также изучавший  фолдинг,  или сворачивание, белков, потенциально очень полезное исследование), со  скрипом просуществовал около года, после чего окончательно и  бесповоротно ушел в небытие.


Вообще о распределенных вычислениях можно почитать в Википедии

PS Здесь еще довольно занимательный FAQ, там есть информация о частично российских проектах.

Сообщение отредактировал Al71: 28 Февраль 2011 - 18:53


#4 OFFLINE   Sleepy_PIP

 

    Резидент

  • Постоянные посетители
  • PipPipPipPipPipPipPipPip
  • сообщений: 511
    Последний визит:
    30 окт 2016 15:04
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:МСК
 

Отправлено 28 Февраль 2011 - 20:42

[quote name='Al71' date='Feb 28 2011, 17:52' post='172827']
Международных проектов много: http://distributed.ru/

Я тоже давно подумывал подключится к какому-нибудь проекту на базе BOINC, но пока сдерживали вопросы безопасности, а также это:

в BOINC работаю не менее 5 лет. не менее 2-х лет с SETI (это так-ж в рамках BOINC, но один из не многих проектов умеющих использовать CUDA) ... полет отличный.
Кстати его (проект и проекты внутри его) даже можно порекомендовать как стресс тест проца и памяти причем на длительном отрезке :) ...

Сообщение отредактировал Sleepy_PIP: 28 Февраль 2011 - 20:57


#5 OFFLINE   Ramerup

 

    сова упоротая..

  • [Хранители]
  • сообщений: 20 062
    Последний визит:
    Сегодня, 15:49
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Санкт-Петербург
 

Отправлено 01 Март 2011 - 05:06

По сабжу, как я понял...

Цитата

...тогда он обратился к помощи ГРИД – системы распределенных вычислений, охватывающей через подобие интернета множество компьютеров. Сами расчеты было легко распараллелить и 500 тысяч часов, необходимых для получения результата, превратились во вполне приемлемое время.
Вселенная имеет форму бублика

#6 OFFLINE   Sleepy_PIP

 

    Резидент

  • Постоянные посетители
  • PipPipPipPipPipPipPipPip
  • сообщений: 511
    Последний визит:
    30 окт 2016 15:04
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:МСК
 

Отправлено 01 Март 2011 - 06:35

просто выскажу свое частное мнение.
участвую в подобных проектах и в BOINC в частности, а еще конкретнее - например в менеджере проектов http://www.worldcommunitygrid.org/ много проектов для расчета различных лекарств, методов лечения и тому подобное. Есть проекты связанные с обсчетом климатических моделей и пр.
Часть проектов при мне была успешно завершена с реальным выходом, полезным человечеству.Есть и другие и проекты и прожект-менеджеры. Спектр разнообразнейший - от проверки устойчивости криптографических алгоритмов, доказания мат. теорем, до лекарств и климата.
Есть проекты использующие и CUDA - одно из самых перспективных направлений ибо позволяет существенно увеличить скорости обработки (в несколько раз).
Конечно например широко известный проект SETI - весьма например спорный (это поиск математических признаков передачи разумной информации в электромагнитных сигналах вселенной) в связи с тем что вряд-ли кто-то из более высокоразвитых цивилизаций будет использовать электромагнитные волны для передачи информации в рамках размеров даже галлактик, скорее это поиск информациооного шума, но это так-ж не маловажно.

Вообще BOINC представляет собой некую вычислительную платформу, которую как используют так и поддерживают абсолютно безвоздмездно с одной стороны пользователи компов, с другой стороны - научные сообщества. в подавляющем большинстве случаев распределенные вычисления на основе BOINC используют группы ученых для порверки или расчета новых идей и направлений. Получить место в графике супер-железных феликсов (суперкомпов) часто такие группы просто не в состоянии как по стоимости так и по направлению. Поэтому вычислительные средства распределенных вычислительных сетей представляют огромную помощь подобным группам и новейшим идеям. К тому-ж некоторые из распределенных вычислит. сетей уже давно приблизились по своим показателям к суперкомпам.
Сам BOINC так-ж был разработан на абсолютно некомм. основе и в настоящий момент может применяться (клиент) на большинстве ОС и железе. Клиент имеет гибкие настройки позволяющие Вам даже не замечать его работу на вашем компе. Позволяет использовать несколько компов для Вашей группы, позволяет Вам объединяться в макро-грутты (team), участвовать в нескольких проектахи прожект-менеджерах. Совершенно не стоит расчитывать на то что участвуя в проекте о Вас хотя-б упомянут где-то (кроме статистики прожект-менеджера и проекта естественно :) ) не говоря уже о том что наградят :).
Менеджеры проектов - это так-ж некоторые некомм. сообщества, которые собирают проекты под своей крышей и предоставляют группам учаных вычислитльные силы распределенных сетей.

Конечно - распред. вычислительные сети на сегодня это довольно большой вопрос - ибо если вспоминать об экологии ... то десяток Cray-ев и прочих суперкомпов банально потребляют меньше чем миллион PC :). но это пожалуй единственный путь для многих молодых ученых мыслящих не в рамках установленных канонов современной науки и вообще не работающих на военку и денежные мешки.

Вообщем то основная идея - подключайтесь! помогите миру! :).
PS: только прошу не расценивать это как рекламму.

#7 OFFLINE   Ramerup

 

    сова упоротая..

  • [Хранители]
  • сообщений: 20 062
    Последний визит:
    Сегодня, 15:49
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Санкт-Петербург
 

Отправлено 12 Март 2011 - 04:29

Сеть Einstein@Home нашла второй двойной пульсар

Распределенная вычислительная сеть Einstein@Home за полгода открыла уже второй двойной пульсар. Звезда имеет диаметр 15 километров и расположена в 30 тыс. световых лет от Земли. Это неплохой послужной список для сети, использующей для работы вычислительные мощности, пожертвованные владельцами компьютеров по всему миру.

"Пульсары – это ядра старых звезд, которые сдавлены воздействием гравитационных сил, – говорит директор проекта физик Брюс Аллен (Bruce Allen). – Они уменьшились до шаров таких размеров, что если этот шар сжать еще в три раза, то он коллапсирует до черной дыры. Такие объекты позволяют исследователям изучать поведение материи в условиях чрезвычайно высоких давления и удельного веса".

Einstein@Home – основанный в 2005 году проект по поиску гравитационных волн, описанных гипотезой Энштейна. Для обнаружения этих волн ученые решили исследовать излучение звезд-пульсаров – вращающихся нейтронных звезд, испускающих радиоволны, рентгеновское и гамма-излучение. Основная идея проекта заключается в привлечении добровольцев – людей и организаций, которые могли бы предоставить ученым свободные вычислительные мощности своих компьютеров, подключенных к интернету.

Данные собираются Лазерно-интерферометрической гравитационно-волновой обсерваторией (LIGO) и Хэнфордским ядерном комплексом в США. Гравитационные волны пока не удалось засечь непосредственно. Впрочем, сам Эйнштейн считал, что они слишком слабы для обнаружения.

"Используя компьютеры добровольцев, включившихся в проект, исследователи получили больше вычислительных мощностей, чем могли бы обеспечить не только их собственные компьютеры, но и любая система, которую мог бы оплатить Национальный научный фонд", – говорит Аллен. Он надеется, что гравитационные волны будут обнаружены уже в течение ближайшего десятилетия.

В 2009 году Аллен и его команда расширили программу Einstein@Home. Они стали искать также двойные пульсары, анализируя данные обсерватории Аресибо в Пуэрто-Рико. Так они определили местонахождение двух пульсаров: первый найден в августе 2010 года, он находится в 17 тыс. световых лет от Земли, вращается со скоростью 40 оборотов в секунду и является "разрушенным двойным пульсаром", то есть потерял звезду-компаньона. Второй пульсар, найденный только что, во многом схож с первым: расположен примерно в той же части неба и вращается почти с той же скоростью. Но он сохранил звезду-компаньона, масса которой больше, чем обычно и составляет 0,95 массы Солнца.

Одним из двух участников проекта, чьи компьютеры сыграли решающую роль в открытии, стал российский ученый Виталий Ширяев.

CNews

#8 OFFLINE   Al71

 

    Мастер

  • [eMule-Rus]
  • сообщений: 3 275
    Последний визит:
    22 ноя 2022 07:59
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Москва
 

Отправлено 27 Март 2011 - 18:02

Решил-таки подключиться для пробы. Настройки пока по умолчанию. Отклик системы нормальный, ничего не тормозит.

Изображение

Сообщение отредактировал Al71: 27 Март 2011 - 18:08


#9 OFFLINE   mss73

 

    Руки прочь от ослика!

  • Постоянные посетители
  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • сообщений: 1 766
    Последний визит:
    08 ноя 2021 07:26
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Москва-Якутск
 

Отправлено 28 Март 2011 - 09:13

Я много лет участвовал, но всё же пришёл к выводу, что от этого компы быстрее горят...
http://stats.distrib...p...5&id=369626
http://stats.distrib...p...8&id=369626
http://stats.distrib...p...5&id=369626
http://stats.distrib...p...7&id=369626 - тут аж 92-й в мире, хотя давно бросил...

Вот эта табличка хорошо смотрится по датам :)))
http://stats.distrib...p...8&id=369626

с октября 2001-го :)
http://stats.distrib...p...5&id=369626

Сообщение отредактировал mss73: 28 Март 2011 - 09:20


#10 OFFLINE   Nimnul

 

    Общительный

  • Постоянные посетители
  • PipPipPipPip
  • сообщений: 51
    Последний визит:
    25 фев 2021 21:52
  • Пол:Мужчина
 

Отправлено 28 Март 2011 - 10:30

Имхо нет смысла участвовать в проекте  от "distributed.net". Насколько я понимаю - никакой практической пользы он не несёт, так, трата электричества(Один человек зашифровал сообщение алгоритмом RC5-72, а остальные пытаются его расшифровать тупо прямым полным перебором). Правда, там вроде какой то денежный приз есть победителю. Но всё равно лучше уж белки пересчитывать или зелёных человечков искать.  Сам участвую в rosetta@home. Кстати, есть российская команда участвующая в разных проектах распределённых вычислений - TSC! Russia, они как раз стараются участвовать только в полезных проектах. Так же у них на сайте есть много полезной инфы о распределённых вычислениях. Например - у многих есть игровые видюхи, которые используются только во время игр, а всё остальное время простаивают - на них тоже можно обсчитывать распределённые вычисления, причём обычно на них считается гораздо быстрей чем на процессоре.

#11 OFFLINE   mss73

 

    Руки прочь от ослика!

  • Постоянные посетители
  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • сообщений: 1 766
    Последний визит:
    08 ноя 2021 07:26
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Москва-Якутск
 

Отправлено 31 Март 2011 - 04:45

Во-первых не надо говорить, когда точно не знаешь. RC5-72 не единственный их проект.

Во-вторых когда я начинал, аналогов distributed.net практически не было.

И по поводу полезности - можно сколько угодно спорить. И я докажу, что любой из таких проектов бесполезен. В итоге просто красивые вывески.

Сообщение отредактировал mss73: 31 Март 2011 - 04:47


#12 OFFLINE   Al71

 

    Мастер

  • [eMule-Rus]
  • сообщений: 3 275
    Последний визит:
    22 ноя 2022 07:59
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Москва
 

Отправлено 29 Март 2020 - 10:19

Проекты добровольных распределенных вычислений Rosseta@home и Folding@home подключились к поиску лекарств от коронавируса. Первый проект считает исключительно на процессоре, второй -- преимущественно на GPU. Коронавирусные задачи есть также в Foldit -- связанной с Розеттой онлайн-головоломке, где участники могут в ручном и полуавтоматическом режиме "сворачивать белки" для поиска лекарств. В РВ можно считать как индивидуально (от анонимуса), или присоединиться к одной из российский команд, например, к вышеупомянутой TSC! Russia, которая уже много лет специализируется на данных биомедицинских проектах.

Предупреждения: В Розетте могут пригодиться даже слабые процессоры, но она очень требовательна к оперативной памяти (одно задание/поток может съедать до полутора Гигабайт ОЗУ). Что касается ФАХ, из-за большого притока участников со всего мира в последнее время, отдельные сервера folding@home не могут оперативно обрабатывать и выдавать задания, и фахклиент может подолгу простаивать впустую, если не предпринять дополнительных мер. В онлайн-головоломку Foldit я уже много лет не заходил, но, насколько помню, научные результаты там иногда даже превосходили чисто машинные расчеты. Глубоких познаний в медицине в Foldit не требовалось, но желательно знание английского, чтобы вникнуть в процесс.

#13 OFFLINE   Al71

 

    Мастер

  • [eMule-Rus]
  • сообщений: 3 275
    Последний визит:
    22 ноя 2022 07:59
  • Пол:Мужчина
  • Откуда:Москва
 

Отправлено 06 Декабрь 2021 - 09:31

Аргументы и факты

06.07.2021

Коронавирус. Машины ищут лекарство для людей

В Петрозаводске ищут лекарство от коронавируса. Нет, не вакцину, а именно лекарственное средство. В сотрудничестве с словенскими биологами из Любляны математики из КарНЦ РАН перебирают миллиард молекулярных соединений и отбирают претендентов на препарат от SARS-CoV-2. Отбор ведется посредством компьютеров обычных людей – они сдают вычислительные мощности своих ноутбуков как бы в аренду.

Вычислить и обезвредить

При заражении коронавирус взламывает клетки нашего организма и проникает внутрь. Способы здесь бывают самые разные, но SARS-CoV-2 делает ставку на предателя – того, кто откроет ему клеточные ворота и впустит за клеточную стенку. Таким предателем становится белок нейропилин-1, который спаривается с коронавирусом и указывает ему на вход. Сегодня цель ученых – подыскать такое химическое соединение, которое разрушит дружбу вируса и белка.

В распоряжении химиков и биоинформатиков есть базы данных молекулярных соединений колоссального объема – в таких резервуарах хранятся миллиарды цепочек из атомов и молекул. Задача – подобрать подходящие. Поиск в лаборатории никто не отменял, однако его компьютерная альтернатива доказывает все большую эффективность в создании лекарств от той или иной болезни.

«Они должны показать желаемую биохимическую активность в ходе компьютерного моделирования и в то же время обладать биохимическими свойствами, предъявляемыми к лекарствам – отсутствие токсичности, например», – перечисляет критерии отбора участник исследования, научный сотрудник лаборатории телекоммуникационных систем Института прикладных математических исследований КарНЦ РАН Наталия Никитина.

Таким способом было разработано не одно лекарство. К примеру, препарат агграстат – он предотвращает образование тромбов – создан именно путем компьютерного перебора возможных комбинаций химических соединений.

Союз науки и граждан

Сегодня сдать в аренду можно не только квартиру или автомобиль, но домашний компьютер. Девять из десяти таких ПК используются далеко не на полную мощность. А значит, она может быть использована на благо науки.

«Мы организовали и поддерживаем систему добровольных вычислений, – рассказывает Наталия Никитина. – Это распределенная система, к которой могут подключаться компьютеры со всего мира, подключенные к сети интернет. Если вычислительная мощность отдельного настольного компьютера невелика, а на ночь он вообще выключается, то сотни и тысячи таких компьютеров образуют целый «виртуальный» суперкомпьютер, слаженно работающий над общей задачей. По такому принципу работают многие научные проекты».

Люди, сдающие в аренду свои ноутбуки, получают как моральное удовлетворение от причастности к большой науке, так и реальные деньги — в виде криптовалюты Gridcoin. В нашей республике уже порядка 100 компьютеров включились в работу.

Присоединиться к исследованиям просто – стоит только установить программу BOINC, а затем выбрать интересующий научный проект. Ни вам, ни вашему компьютеру программа не повредит – все будет выполняться в фоновом режиме. Даже и не заметите.

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Научная Россия

27.06.2021

Добровольцы в помощниках

Ученые КарНЦ РАН (г. Петрозаводск) в рамках проекта гражданской науки, привлекая широкую аудиторию, проводят вычислительные эксперименты. При помощи высокопроизводительного виртуального скрининга осуществляется изучение библиотек молекулярных соединений и поиск лекарства от коронавируса.  Это позволит получить большие объемы информации о новом научном знании в области медицинской химии и повысит осведомленность общественности о разнообразии современных исследований

В различных отраслях науки для проведения исследовательских проектов и программ практикуется привлечение граждан-добровольцев. Это сбор, анализ, измерение, обработка и систематизация каких-либо научных данных. В условиях цифровизации за счет подключения к сети интернет помощь ученым может осуществляться большой командой участников со всего мира.
Так, поиск лекарств – довольно трудоемкий и ресурсозатратный процесс, поэтому в этом случае поддержка добровольцев – настоящее подспорье для научного сообщества. Гражданская инициатива по исследованию лекарства против коронавирусной инфекции оказывается особенно полезной в мониторинге определенных сведений, в частности, в виртуальном скрининге.
Специалисты КарНЦ РАН (г. Петрозаводск) для поиска химических соединений, обладающих нужным видом биологической активности для разработки новых лекарственных препаратов от COVID, подключают общественную аудиторию. Применяя программы для молекулярного докинга и виртуального скрининга, ученые задействовали компьютеры обычных пользователей, чтобы производить распределенные вычисления. Представленный опыт создания вычислительной инфраструктуры подтверждает рациональность затраченного времени и эффективность работы, а также способствует привлечению внимания граждан из разных стран к вопросам борьбы с тяжелыми заболеваниями.

Изображение

Наталия Николаевна Никитина – кандидат технических наук, научный сотрудник лаборатории телекоммуникационных систем Института прикладных математических исследований КарНЦ РАН
  
Наталия Николаевна Никитина – кандидат технических наук, научный сотрудник лаборатории телекоммуникационных систем Института прикладных математических исследований КарНЦ РАН – рассказала о том, как, привлекая добровольных партнеров, проходит работа ученых с вычислительными ресурсами.

Чем вызвана потребность в исследовании библиотек молекулярных соединений при помощи расчетных методов? Как вычислительные методы помогают осуществлять разработку лекарств?
«Разработка лекарства представляет собой трудоемкую задачу поиска химического соединения, способного создавать устойчивый комплекс с белковой молекулой – «мишенью», отвечающей за развитие заболевания. Такое соединение должно не только обладать искомым терапевтическим действием, но и соответствовать всем критериям безопасности для человека. Задача эта решается в среднем 10-15 лет. Поэтому усилия многих научных групп направлены на то, чтобы повысить эффективность и ускорить разработку лекарства. Это возможно, в том числе, с помощью методов информатики и прикладной математики.
На протяжении многих лет основным способом проведения начального этапа разработки лекарства служил высокопроизводительный скрининг “in vitro” (с лат.  – «в стекле», то есть «в пробирке»). Это метод автоматического роботизированного поиска соединений с искомыми свойствами среди химических веществ в лабораторных условиях – эффективный, но весьма дорогостоящий и имеющий ряд ограничений. Сегодня существуют и постоянно расширяются различные библиотеки компьютерных моделей молекулярных соединений и их фрагментов, а также программы моделирования биохимических процессов с высокой точностью, что позволяет проводить начальный этап разработки лекарства частично “in silico” (с лат. (искаж.) – «в кремнии», то есть «на компьютере»). Это позволяет значительно снизить стоимость исследований и снять множество ограничений, но в то же время ставит перед учеными новые задачи», – сообщила Наталия Никитина.

Учеными проводится процедура виртуального скрининга. В чем он заключается и как происходит выбор перспективных соединений, исследователь КарНЦ РАН пояснила:
«Виртуальный скрининг – это альтернатива высокопроизводительному скринингу, состоящая в компьютерном моделировании взаимодействия химических соединений с белком-мишенью и оцениванию вероятности образования устойчивых молекулярных комплексов. Виртуальный скрининг не ограничен существующими библиотеками синтезированных молекул и может также использоваться для поиска соединений, которые ранее не были синтезированы, или для оценки отдельных фрагментов молекул. Его результатом становится список соединений, потенциально имеющих высокую требуемую биохимическую активность. На следующих этапах разработки лекарства проводится отбор и оптимизация среди них. Для проведения виртуального скрининга требуются значительные вычислительные ресурсы и временные затраты, поэтому используется, как правило, не обычный настольный компьютер, а целая система высокопроизводительных вычислений».

Изображение

Рисунок 1. Молекулярный докинг для белка-мишени коронавируса. Низкомолекулярное соединение стыкуется с белком в специальной области - сайте связывания
  
Какую систему высокопроизводительных вычислений вы используете для проведения виртуального скрининга?
«Мы организовали и поддерживаем систему добровольных вычислений. Это распределенная система, к которой могут подключаться компьютеры со всего мира, подключенные к сети интернет. Если вычислительная мощность отдельного настольного компьютера невелика, а на ночь он вообще выключается, то сотни и тысячи таких компьютеров образуют целый «виртуальный» суперкомпьютер, слаженно работающий над общей задачей. По такому принципу работают многие научные проекты, а потенциальная суммарная мощность добровольных вычислений существенно превышает все суперкомпьютеры мира, вместе взятые», – сообщила молодой ученый.

Изображение

Рисунок 2. Схематическое изображение виртуального скрининга: среди множества низкомолекулярных соединений выбираются наиболее хорошо стыкующиеся с белком-мишенью
  
Проект добровольных вычислений SiDock@home (по поиску лекарства от ковида) функционирует  с октября 2020 года и является междисциплинарным на стыке медицинской химии, биоинформатики и математики.
Ранее карельские ученые выполняли виртуальный скрининг малого масштаба для немецких ученых из Института экспериментальной дерматологии при университете Любек, которые исследуют редкое дерматологическое заболевание.
«Мы встретились с ними на научной конференции и объединили усилия по организации вычислений, а затем познакомились со словенскими учеными-биологами Чртомиром Подлипником из Университета Любляны и Марко Юкичем из Университета Марибора, которые занимаются современными технологиями разработки лекарств. Их усилия направлены на полный цикл разработки лекарства от социально значимых заболеваний, таких как коронавирус или вирус Эбола. Во время пандемии коронавируса SARS-CoV-2 потребовались большие вычислительные мощности, собрать которые позволило сообщество добровольных вычислений. Это, на самом деле, уникальная возможность получить в единоличное распоряжение целую высокопроизводительную вычислительную систему. В работе мы используем программу молекулярного докинга (моделирования стыковки химического соединения и белка-мишени) CmDock, разработанную словенскими коллегами. Это программа с открытым исходным кодом, разработанная на основе другой программы RxDock, ранее доказавшей свою эффективность в других проектах. CmDock активно развивается и совершенствуется», – отметила Наталия Никитина.
В проекте специалистов КарНЦ РАН принимает участие несколько тысяч пользователей из разных стран мира. Наиболее активные участники из России, Украины, Германии, Великобритании, США.

Как пришла идея привлечь к исследованиям простых пользователей, и что вам дает такая помощь от гражданской науки? Что дает это самому добровольцу?
«Помимо предоставления своих компьютеров, некоторые из них помогают адаптировать вычислительное приложение для различных компьютерных платформ и протестировать его. Сообщество добровольных вычислений сложилось задолго до нашего проекта, в нем существуют различные механизмы поощрения участников, составления рейтингов согласно личному вкладу каждого, оперативного привлечения дополнительных вычислительных мощностей. Сами добровольцы при этом получают информацию о проводимых исследованиях в научно-популярной форме, могут участвовать в их обсуждениях, расширяют свои знания о вычислительных технологиях и могут в реальном времени наблюдать за решением научной задачи. Более того, участники ряда крупных проектов (в ближайшем будущем и нашего) могут получать за свой вклад денежное вознаграждение в форме криптовалюты Gridcoin.
Мы, в частности, рады, что наш проект позволил привлечь интерес новых участников, которые раньше не знали о добровольных вычислениях: так, к нам присоединились несколько научных организаций, чтобы предоставлять компьютерные мощности», – объяснила Наталия Никитина.

Эта клиент-серверная система COVID.SI проста в обращении? Как на практике работает схема добровольных вычислений?
«Наш проект SiDock@home основан на клиент-серверной системе BOINC, которая вот уже более 20 лет широко используется для организации добровольных вычислений. Схема подключения достаточно простая: нужно скачать и установить на свой компьютер программу BOINC, в ней выбрать проект или несколько проектов, к которым вы хотите присоединиться. После этого компьютер начнет автоматически получать задания и выполнять их в фоновом режиме, не мешая основной деятельности, – исследователь КарНЦ РАН раскрывает суть добровольной помощи и призывает к участию. – Присоединяйтесь к поиску лекарств!».

Какие новые математические модели вам позволяет разрабатывать этот проект?
«Чем мощнее и сложнее суперкомпьютер (даже «виртуальный»), тем труднее им эффективно управлять. Мне и моим коллегам интересны новые знания о процессах распределенных вычислений, принципы эффективной организации вычислительного процесса, законы функционирования сообщества добровольцев. Мы разрабатываем математические модели управления заданиями, оптимального дублирования заданий, схем достижения консенсуса между результатами, полученными от разных участников. Математика помогает эффективнее исследовать химическое пространство и достигать результатов, на которые в обычной лаборатории потребовались бы десятки лет. Переход к математическим абстракциям позволяет смоделировать несуществующие ранее ситуации: например, что будет, если компьютеры начнут соревноваться между собой за скорейшее нахождение химических соединений-кандидатов в лекарства? Оказывается, что подобное соревнование в разы увеличивает эффективность поиска химических соединений. А «подсказать» компьютерам соревноваться можно программно. С тем же успехом математические методы могут помочь ускорить сверку результатов, сделать подделку результатов нецелесообразной и т.д.», – пояснила молодой ученый.

Каких результатов вы ожидаете от этого проекта? Чем подтверждается на данном этапе исследования эффективность решения вычислительно-ресурсоемких задач при помощи добровольцев?
«Добровольные вычисления используются многими научными организациями и позволяют получить значимые научные результаты. Так, в начале 2020 года в проекте добровольных вычислений Rosetta@home была оперативно получена молекулярная структура шиповидного белка коронавируса SARS-CoV-2, играющего ключевую роль в патогенезе. Сообщество добровольцев позволило на несколько недель опередить научный коллектив, который получил такую модель в лаборатории под криоэлектронным микроскопом. На счету добровольных вычислений еще целый ряд научных открытий.
На данном этапе наша команда, конечно, с нетерпением ждет проверки текущих результатов в реальной лаборатории. Мы выявили ряд перспективных химических соединений, которые необходимо протестировать. Привлеченных нами ресурсов добровольцев достаточно, чтобы оперативно провести виртуальный скрининг миллиарда химических соединений (таков объем библиотеки, с которой мы работаем) за считанные недели. Мы продолжаем вычисления и надеемся существенно продвинуться в поиске лекарства от коронавируса. Даже несмотря на то, что лекарство еще не разработано, промежуточные результаты помогают расширить знания о жизненном цикле вируса, а наши наработки послужат для разработки лекарств и от других заболеваний», – нацелена Наталия Никитина.
Итак, важность поддержки гражданской науки в глобальных научных исследованиях как формата сотрудничества с учеными доказана содействием развитию инноваций и распространению передовых идей.

------------------------------------------------------------------------------------

Статьи еще летние, но актуальные.
Исходный код счетного приложения выложен в открытый доступ.
Результаты исследований публикуются.
Обсуждение проекта на сайте boinc.ru

В поиске лекарств от коронавируса, помимо вышеупомянутых, также участвуют проекты GPUGrid, WCG (процессор и/или видеокарта) и TN-Grid (только процессор).


Цитата

они сдают вычислительные мощности своих ноутбуков как бы в аренду

На ноутбуке РВ не запускаю — температура зашкаливает, да и выхлоп небольшой, но десктопы уже десять лет в строю.





Количество пользователей, читающих эту тему: 1

0 пользователей, 1 гостей, 0 анонимных